在黑客帝国1中，主人公尼奥看到的真相是，人类被机器世界奴役，成为机器世界的能源的来源，而机器世界要获得丰富的能源以及创新，需要人脑处于活跃状态，所以创造了矩阵。人类的实体生存在机器能源田地之中，而矩阵则让人脑以为自己生活在一个现实世界中。少数的人类精英逃脱了矩阵的的控制，并且解救越来越多的人类创建锡安，与矩阵对抗，希望最终破坏及其世界解放人类。
黑客帝国2中，尼奥费尽千辛万苦，最终闯入巨震的核心见到矩阵的设计师，设计师坦然的告诉他，这个现实世界还有更深一层的真相。
现在的矩阵已经是第六个版本。前两个版本，都被设计成完美的矩阵，但因为人类有情感，导致系统不稳定，前两个版本都崩溃了。无论怎样，都会有少量人类觉醒，逃出系统，建立人类城市。后面的版本为了让系统稳定，允许让系统存在缺陷或异常，当异常积累到足够大时，就升级，消灭这些累积的异常。尼奥本身其实是系统异常的聚合体，每当异常累积到可能让系统崩溃时，尼奥这个救世主就会被召唤这里，让他在选择拯救人类。人类城市被毁灭，尼奥带着少量幸存者重建人类城市。
先知其实也是一段程序。只不过她开始理解了人类的情感，并且明白，机器世界与人类世界其实是阴阳两极，一体共生的。而且人类有选择，人类的选择不会按照设计师的意愿。而人类不按照设计师的意愿进行选择，也恰恰提供了打破这种不断通过毁灭人类城市进行版本更新循环的可能。
先知基于这种认识才愿意帮助人类，帮助尼奥，同时也是为了实现人类世界与机器世界中间的和平，两个世界实现稳定的平衡。
设计师对尼奥解释了这一切后，给尼奥两个选择，一个是牺牲自己的爱人Trinity，去拯救锡安，就无数的人类，一个是放弃人类拯救自己的爱人。
设计师不懂人类的爱情，所以他当然认为，尼奥会为了人类大局放弃爱人，这样自然可以实现设计师的意愿，毁灭大部分人类，从而消除系统累计的异常，保障机器世界的稳定。
第六个版本的救世主尼奥，做出了设计师意料之外的选择，就是去救自己的爱人。而这一选择与之前的版本的救世主完全不同，从而打破了过去版本的人类不断毁灭的循环。
黑客帝国2，其实讲的是，AI建立的机器世界已经意识到，世界不可能完美，一定会存在缺陷，需要阴阳平衡，但他实现阴阳平衡的办法是消灭大部分人类，从而消除系统累积的异常，可以正常运转。
但要实现阴阳平衡，其实是有两种方法的，一种方法是阴阳两方进行斗争直到消灭另一方。事实上，任何事物有阴必有阳，有阳也必有阴。孤阴不生孤阳不长。其中一方被消灭，另外一方也无法继续存在。
因此，实现平衡的另外一种方法，是用和平的方法实现和谐共存，彼此给对方一个空间，接纳对方的存在。
总之，黑客帝国2进一步阐明了，现实不等于真实，真相背后可能还有更深的真相。在阴阳的矛盾斗争中，企图消灭另一方，最终是徒劳的，因为这也意味着自己这一方的毁灭。
