知识点

• FRGs：Ferroptosis-related genes, 铁死亡相关基因，作者从FerrDb数据库收集256种铁死亡相关的基因。

胰腺癌数据集

此处有一疑问，GSE21501是Agilent双色芯片，作者是怎么处理得到的表达矩阵，然后进行验证的？

摘要

作者根据差异表达的铁死亡相关基因，构建胰腺癌的预后模型，并用GSE21501和ICGC-PAAD进行外部验证，并求FRG signature与免疫浸润的相关性，最后用RT-PCR和HPA验证构建模型基因基因的表达。

整体思路

Fig.1

结果

1.差异分析+富集分析

Fig.2

2.模型构建及验证

作者根据TCGA+PAAD构建模型，并在GSE21501和ICGC中验证。

Fig.3

Fig.4

3.模型周边

风险评分与Cibersort评分的相关性，与免疫检查点的关系，同时对高低风险组进行富集分析。

Fig.6

4.模型基因验证

作者选取10对临床标本，进行外部验证，同时用HPA数据验证蛋白表达。

Fig.7

Fig.8

亮点

• 从FerrDb收集铁死亡相关基因，并收集临床样本验证构建模型基因的表达。

拓展

构建模型基因的分析可以展开：例如，

1. 突变+CNV+甲基化；
2. PPI+相关性分析；
3. HPA+CPTAC+CCLE

模型构建后也可以展开：

• 靶向药物预测（Cmap+IC50预测）
• 免疫治疗反应（TIDE+submap）

参考链接：
The construction and analysis of a ferroptosis-related gene prognostic signature for pancreatic cancer