1367年，朱元璋攻占平江，张士诚自杀。朱元璋招降浙江的方国珍，统一东南。
张士诚、方国珍都是造反的盐贩子。张士诚占据经济最富庶的苏南，粮草丰饶，目光短浅，甘愿当个土财主，且性格懦弱，放纵兄弟亲信贪腐，一再错失打败朱元璋的机会，终为其俘虏。方国珍早在1348年就反元，亡命海上，在各方势力间周旋，活得最好，于1374年去世。
1368年，朱元璋在南京应天府称帝，年号洪武，发布“驱逐胡虏，恢复中华”的檄文。徐达、常遇春率师北伐，兵锋所指，无不降服。元顺帝北逃，明军兵不血刃地占领大都，北方宣告平定，故改大都名为北平。元顺帝逃走后继续使用“大元”年号，谓作“北元”。
——官方史学常为政治服务。朱元璋为向世人昭告元已灭亡，令明初文臣翘楚的宋濂编修《元史》。宋濂用6个月就交稿了。蒙元一个半世纪的壮阔历史浓缩在半年的功夫里，故《元史》纰漏百出。后代史学家纷纷对其订正、补充，甚至重撰。
之后，明帝国用了二十年的时间，陆续消灭了四川的明升、元帝国在内地的最后一支力量云南梁王把匝剌瓦尔密，迫降辽东的纳哈出，并且派兵八次征北。1388年，朱元璋发动最后一次北征。蓝玉统领明军深入沙漠草原，在捕鱼儿海（今贝尔湖）重创北元，完成旷世业绩。元末帝天元帝和长子天保奴逃走，次子地保奴被明军俘虏。天元帝和天保奴逃到斡难河畔被阿里不哥的后裔擒杀。
1402年，窝阔台后裔鬼力赤杀掉傀儡大汗坤帖木儿，自立为汗，去元国号，北元灭亡。蒙古重新回到成吉思汗统一前的混沌状态。
