linux环境下的软件安装
先上思维导图
Day3—linux环境下的软件安装.png
1.什么是conda
conda就是linux的应用商店，相当于App store，miniconda是它的精华版。
2.下载miniconda
2.1查看服务器位数uname -a
2.2搜索最新版本（latest）下载链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.3wget+复制的下载链接
下载miniconda
3.安装miniconda
3.1安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装
3.2激活：source ~/.bashrc
激活
3.3添加镜像加快下载速度：
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
4.使用miniconda
4.1查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
conda list
4.2安装软件： conda install fastqc -y,指定版本号：conda install fastqc=0.11.7 -y
安装fastqc
4.3确认fastqc软件是否安装成功：fastqc --help
fastqc帮助
4.4卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载
5.conda 环境
5.1查看当前conda有哪些环境：conda info --envs
image.png
5.2建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
image.png
5.3再次查看conda环境conda info --envs
image.png
5.4激活新的conda环境conda activate rna-seq
image.png
5.5退出当前环境conda deactivate
image.png
