Linux_conda

生信起步第三站，Linux小姐姐的店铺--conda。

去店铺的必经之路---bzip2

bzip2是一个无损压缩软件，能够进行高质量的数据压缩，能够把普通的数据文件压缩10%至15%，压缩的速度和解压的效率都非常高！是Linux处理生信数据的必备之物。

查看是否有bzip2
bzip2

查看是否安装bzip2
安装bzip2
yum install -y bzip2

安装bzip2

店铺展示---conda

1.店铺历程

了解
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，是目前最流行的 Python 环境管理工具。
下载
搜索miniconda官网，根据电脑配置需要进行下载。

miniconda主页下载区

下载的脚本文件

安装
建立biosoft目录→在biodsoft目录下用wget命令安装下载的脚本文件
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

进入biosoft安装miniconda

进行不成功则采用bash运行安装
_{（必须要看到成功代码显示，否则只是完成下载，保存文件并不代表安装成功，激活时会报错）}

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
……
Do you accept the license terms?[yes|no]yes ，回车

minconda安装成功

激活
source ~/.bashrc
conda

激活conda
添加国内镜像
1）目的：增加软件下载速度=提速
2）原因：就是A国软件管理器无法默认从A国以外网站下载东西，conda即是这种东东
3）镜像：=拷贝数据到别的地方
4）镜像站：把一个互联网上的网站数据“拷贝”到本地服务器，并保持本地服务器数据的同步更新。国内为清华大学开源软件镜像站（数据好多！！！小白自己看的话真的看不懂，直接找代码比较善良）。
终端键入：

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

2.店铺运行

查看列表
conda list

查看列表
搜索软件-数据指控软件
conda search fastqc

搜索数据指控软件fastqc
安装软件
自动安装：conda install fastqc -y

自动安装fastqc

非自动安装：conda install fastqc

非自动安装fastqc
卸载软件
conda remove fastqc -y

卸载fastqc

3.店铺环境

conda 环境:就是大店铺里很多一样的小房间，可以放置不同的主题货品。

查看
conda info --envs_{(运行中显示只有一个环境，默认为base)}

查看环境
建立新环境
conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
_{（建立一个环境，名字叫rna-seq，指定python3版本，同时自动安装软件fastqc和trimmomatic）}

建立新的环境

建立成功.png

conda info --envs_{(多了一个环境，但小*没有指定新建环境)}

建立新环境后查看环境.png
激活新环境
source activate rna-seq_{(成功的标志：小*移下去了)}

运行rna-seq
运行新环境中的软件
在rna-seq环境
键入trimmomatic

尝试运行trimmomatic

键入fastqc

尝试运行fastqc
卸载新环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y_{（在rna-seq环境里卸载）}

删除rna-seq 中的fastqc
卸载新环境
source deactivate_{(卸载环境首先要退出此环境，即退出rna-seq环境)}
conda remove -n rna-seq --all

退出并卸载rna-seq全部