openbabel
介绍：
虚拟筛选离不开分子对接，分子对接离不开分子文件，分子文件的处理离不开openbabel
这个软件开源，不需要收取任何费用，支持win以及linux。用的熟了之后要比某些收费的软件更方便。
文献链接：https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/1758-2946-3-33
一条鱼
这条鱼支持SMILES，PDB，MOL2，SDF等等110种化学分子格式文件，其中绝大部分都是可以相互转换的，例如1维的SMILES转化为2维或者3维的MOL2等等，加全氢原子，或者极性氢原子，分子能量最小化处理。
同时可以计算分子指纹，比较分子相似度，例如：MACCS，ECFP系列，FCFP系列，FP系列
此外还可以计算一系列的2D，3D分子描述符。
总之挺齐全的，足够满足小分子的处理工作。
使用：
在添加环境变量之后win命令行端进行操作，linux的操作同样，windows下也有可视化的点击界面，不用担心，我只是嫌太慢。
win-命令行端
obabel -L
#查看obabel支持的功能
obabel -L formats
#查看支持的分子格式
太多了格式
现在进入分子文件处理阶段，简单的处理。
10.smi，分子文件包含了10个一维的SMILES格式的分子。
前面是SMILES格式，后面是CAS编号，中间分隔符为tab
10.smi
dir
#查看当前目录下的文件
10.smi
obabel 10.smi -O new.smi -m
#将化合物分割为10个独立的文件
结果查看
obabel 10.smi -osdf -O 10.sdf --gen2D --AddPolarH
#将10.smi转化为sdf格式，3D，氢极性（默认是全原子）
看下转化出来的10.sdf，就是了
总而言之，obabel格式
obabel 输入文件 -o输出格式 -O 输出文件名 --要进行的操作（例如3D，加氢）
