目前研究蛋白质互作方法有很多，传统的方法是将天然蛋白免疫沉淀与质谱检测结合(CoIP-MS)，另外流行的还有亲和纯化/质谱法(AP-MS)，与CO-IP类似，它使用感兴趣的诱饵蛋白(bait proteins)上的表位标签和捕获探针来识别协同的猎物蛋白，不需要为每个新的诱饵蛋白购买或者开发特定抗体，得到的融合蛋白可以用链霉亲和素（strep）磁珠来亲和纯化，用生物素洗脱最终得到蛋白复合物。
优势：
AP/MS技术得到的互作蛋白是在细胞内与诱饵蛋白结合的，符合体内真实生理情况，得到的结果可信度高。
不像COIP采用抗体拉取蛋白复合物，可以有效的避免抗体的污染；得到的洗脱液可以直接做溶液酶解和质谱，大大减少了跑胶引起的蛋白损失。
这里介绍一个基于R语言Shiny部署的在线蛋白互作分析平台SFINX, 网络可视化部分利用之前介绍过的networkD3包。
使用
Info部分提供了详细的用户使用说明（主要有5部分）：
- Data Input（输入框页面介绍）
- Example of "Basic data" file (基本的文件输入格式)
- Immediately after input of data（筛选过滤后的互作表格）
Data input inadvanced SFINX (高级分析，参数更多)
Imediately after input od data in advanced SFINX
具体信息直接去网站上看即可
实战
这里找到课题组老师17年一篇NC上的主图，用的即使这种方式绘制的图形，附件中也提供了数据分析的输入文件，我们用来实操一下。
需要准备两个文件
- 蛋白组结果文件 Basic data(各样本肽段数) ：
- Bait indentities（诱饵蛋白列表）：
点击Analysis界面，分别上传两个数据，右侧Filtered interactions 界面即可显示出诱饵蛋白与捕获蛋白直接的作用系数以及Pvalue
Distribution显示SFINX score的分布
点击Network即可看到蛋白互作网络，深蓝色填充的节点即为我们的诱饵蛋白。
其实SFINX除了处理AP/MS这类数据之外，该方法理论上也适用于一些普通蛋白质组数据中，若已经有一些关键蛋白想找寻其它互作蛋白时，除了利用常规的String数据库根据先验信息获取外，此方法也是一种不错的选择~
参考文献
SFINX: straightforward filtering index for affinity purification-mass spectrometry data analysis. J Proteome Res (2015) Titeca, K. et al.
A conserved ankyrin repeat-containing protein regulates conoid stability, motility and cell invasion in Toxoplasma gondii Nature Communications （2017） Long.et al.
