水处理消毒液的选择：1、过氧乙酸（适用反渗机+管路）2、福尔马林（适用反渗机+管路）3、次氯酸钠（只适合管路）4、臭氧（只适合管路部分），因为3、4会损坏反渗膜。因为3、4会损坏反渗膜，而福尔马林基本淘汰，对医护身体有害，消毒时间长，而且冲洗时间长。因此最佳消毒液是过氧乙酸。当然有人不嫌麻烦，组合使用也没问题。
以过氧乙酸为例，消毒大概流程：
1、配好消毒液，启动反渗机，按照要求将消毒液吸入反渗机，在反渗机排水口用试纸检测到有消毒液流出即可。停反渗机。
2、将消毒液通过2级缓冲水箱打入房间管道（有的水处理是用别的方法，如消毒泵装置等），当在管道的末端，取样口用试纸检测到过氧乙酸。
3、这是将所有的血透机都打开，不需要进入任何模式，开机就可以。大约开机5到10分钟，每家机器自检时间不一样，基本开机10分钟消毒液灌满血透机后面的管路肯定没问题，当然用试纸检测一下每台设备的排水口有过氧乙酸流出是最好！
4、关闭血透机，关闭向管道灌注消毒液。和反渗机一起浸泡30分钟！
5、正常启动反渗机开始冲洗，包括管道部分，这时先别开血透机，冲洗1到2小时后，用残留试纸检测反渗机的排水口、管路的末端取样口已无过氧乙酸残留。这时将所有血透机打开，进入冲洗模式。（大约20到30分钟）
6、最后可以抽验几台血透机排水口检测是否有过氧乙酸残留。
7、全部关机，消毒完成。
该方法简称联动消毒法。
消毒周期，建议每月消毒一次，最长不要超过三个月。细菌就像珊瑚虫，他们会分泌物质在水处理管壁上建房子，3个月建好（瑞典诺贝尔实验室结论），建好的房子你再用消毒液去消毒是没办法去除的，只有2个办法：用刷子刷或换新管道。而建好的房子可以保护细菌和病毒，而且掉下来的瓦片就是致热原。
还有很重要的一点是消毒者必须非常清楚消毒时消毒液是怎么走，要经过哪些地方，除了机器，可能还有备用出水口，这些地方都必须消毒到、冲洗到、检测到，千万千万不要有消毒液残留！因为有些医院是兼职工程师，怕遗留某一部位消毒液没用冲洗干净。我们消毒水处理时是每台机每个出水口都测有效浓度和残余浓度的。
