更改镜像

r <- getOption( "repos" ); 
r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"; 
options( repos = r )
# bioconductor
BioC <- getOption( "BioC_mirror" ); 
BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"; 
options( BioC_mirror = BioC )

包

1、查看已加载的包

(.packages())

2、卸除已加载的包

如卸除RMySQL包

detach("package:RMySQL")

注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从R运行环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使用。

在包使用函数冲突，检验函数依赖时比较有用。

3、安装包

install.packages("rjson")

下载安装报名为“rjson”的包。

4、卸载已加载的包

彻底删除已安装的包：

remove. packages(c("pkg1","pkg2") , lib = file .path("path", "to", "library"))

5、查看已安装的包

installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]

其中c('Package','Version','LibPath') 表示显示包名、版本、库路径信息，若无[,c('Package','Version','LibPath')]参数，则显示所有信息。

6、查看某个包提供的函数

help(package='TSA')

package参数为要查看的包的包名。

7、查看某个函数属于哪个包

help(函数名)

在打开的网页中查看属于哪个包。

数据

1.保存Rdata，方便方便下次继续，避免从头开始。

save(ids,exprSet,pdata,file = 'input.Rdata')

2.将数据框a1的第一列变为行名

rownames(a1)<-a1[,1]
a1<-a1[,-1]

3.查看当前目录的文件

list.files()

4.查看两者是否相同

identical(x,y)
# 回复TRUE|FALSE

5.查找匹配

##grep
grep("[a-c]", letters)
#[1] 1 2 3

## ???????飬?µı???????ֻ??normal??gbm????
n_expr = exprSet[ , grep( "non-tumor",         group_list )]
g_expr = exprSet[ , grep( "glioblastoma",      group_list )]

6.更改列名

colnames( exprSet ) = paste( group_list, 1:ncol( exprSet ), sep = '_' )

7.读取本地文件

gset<-read.table("GSE76275_series_matrix.txt.gz",sep="\t",quote = "",
                 fill=T,comment.char = "!",header=T)
# 更改行名
rownames(gset)<-gset[,1]
gset<-gset[,-1]

8.去除某列、某行

a1  <-a1[-1,-5] #去除第一行，第5列

9.下载网页数据

library(data.table)
mydat<-fread("")
head(mydat)

参考来源：生信技能树&&Linux命令大全

友情链接：

课程分享
生信技能树全球公益巡讲
（https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g）
B站公益74小时生信工程师教学视频合辑
（https://mp.weixin.qq.com/s/IyFK7l_WBAiUgqQi8O7Hxw）
招学徒：
（https://mp.weixin.qq.com/s/KgbilzXnFjbKKunuw7NVfw）

欢迎关注公众号：青岛生信菜鸟团