1.配置anaconda的安装源
用Anaconda下载各种包时，默认下载源通常在境外，下载速度有时会很慢，把下载源设置为国内镜像可以提高下载速度和便捷度。
使用conda info命令查看当前下载源（channel URLs那一项）
username@servername:~$ conda info
active environment : None
shell level : 0
user config file : /disk1/username/.condarc
populated config files : /disk1/username/.condarc
conda version : 4.14.0
conda-build version : 3.22.0
python version : 3.8.8.final.0
virtual packages : __linux=4.15.0=0
__glibc=2.27=0
__unix=0=0
__archspec=1=x86_64
base environment : /disk1/username/anaconda3 (writable)
conda av data dir : /disk1/username/anaconda3/etc/conda
conda av metadata url : None
channel URLs : https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/linux-64
https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/noarch
https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free/linux-64
https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free/noarch
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/py
......
也可以使用conda config --get channels命令查看当前channel以及各个源的优先级
username@servername:~$ conda config --get channels
--add channels 'conda-forge' # lowest priority
--add channels 'defaults'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/'
--add channels 'https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free/'
--add channels 'https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/'
--add channels 'bioconda' # highest priority
使用以下命令添加源（以清华镜像为例）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
## 下载新的包时显示下载源
conda config --set show_channel_urls yes
常用的镜像除了清华镜像，还有阿里云和中科大的镜像
--add和--append的区别：
- --add把新增源放在默认源前面，搜索时先在新增源中搜索
- --append把新增源放在默认源后面
如果换源后仍无法下载，可以尝试指定下载源(-c 下载源)
恢复默认下载源
conda config --remove-key channels # 移除当前所有源
conda config --add channels defaults # 添加默认源
2.anaconda环境的使用
环境可以类比为anaconda为你分隔出的小房间，每个房间里有各自的工具（各种包），不同的房间里的包不能混用。
创建环境：
username@servername:~$ conda create -n python38
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
......
-n：等同于--name，用于指定创建的环境名（即后面的envname）
创建环境时如果不指定Python版本，anaconda会自动安装（它能找到的）最新版。
-c：等同于--channel，用于指定下载包（包括创建环境时下载的Python）的源
指定Python版本的环境创建：
conda create -n Python27 python2.7
查看所有环境：
username@servername:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /disk1/username/anaconda3
python38 /disk1/username/anaconda3/envs/python38
## 也可以用以下命令
conda env list
激活环境：
username@servername:~$ conda activate python38
(python38) username@servername:~$
注意到激活后用户名前面多了被括号括住的环境名，表示我们成功进入该环境，可以使用该环境中安装的包
安装各种包：
Conda install 包名称
或者pip install 包名称 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple（清华镜像）
或者pip install 包名称 -i https://pypi.doubanio.com/simple/ （豆瓣镜像）
-i：等同于--index-url，指定安装源
安装特定版本的包
## conda install 软件名=版本号
conda install gatk=3.7
## 更新指定软件
conda update gatk
查看环境中现有的包
conda list
或
pip list
查看包安装的位置
which gatk
在环境中运行Python程序：
python test.py
退出当前环境：
(base) username@servername:~$ conda deactivate
username@servername:~$
删除环境中的包
conda remove 包名
删除环境：
conda remove -n 环境名 --all
-n：指定删除的环境
--all：删除环境中所有的包
重命名环境
实际上conda并没有这样的功能，但是可以把原来的环境复制一份并给复制出来的新环境命名，然后删掉原来的环境。
conda create -n python38 --clone py2
conda remove -n py2 --all
