如何做Genome survey,2018.11.8

网上有很多其他做survey的教程,有的还很详细,但大多都很老了,感觉对现在来说并不适用,所以总结出我觉得现在比较好的一个方法吧。

总共只需两个软件 jellyfish和Genome scope

一般二代测50X的数据,得到下机数据后(两个fq文件)

1. 先用jellyfish得到kmer频率的数据,一个histo文件(网上有很多jellyfish的使用教程)

2. 再用Genome scope 输入jellyfish输出的kmer数据,输出kmer分布图(如下图),基因组大小(len)、杂合度(het)、重复序列比例(1-uniq)等信息。


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