一、基因芯片
基因芯片：由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列而形成的探针阵列，其基本原理是杂交测序方法。
cDNA芯片制作：通过克隆的方法获得目的cDNA序列，将其作为探针高密度固定在基质上制备cDNA芯片(探针的序列是已知的)；然后从待检测的实验细胞和对照细胞中分别提取总RNA，由于RNA本身不稳定，而cDNA保存时间较长，因此，将mRNA反转录成cDNA，并分别用红色荧光分子和绿色荧光分子进行标记；接下来将两组cDNA样本等比混合，在一定实验条件下与芯片上的探针进行杂交，杂交完成后洗脱没有与探针互补结合的cDNA片段；最后，进行扫描，获得每个探针杂交后的荧光强度(基因表达谱)。
如果基因在两组细胞中表达相同，扫描后图形为黄色；如果表达不同，呈现红色或绿色。
寡核苷酸芯片：与cDNA芯片类似，主要通过碱基互补配对的原则进行杂交。早期合成的寡核苷酸片段可能存在降解的情况，从而导致最终检测质量的下降。
原位合成芯片：单通道芯片(了解）。
光纤微珠芯片：新一代芯片(了解）
——李霞《生物信息学理论与医学实践》
二、GEO数据库数据下载
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
平台platform：描述检测方法，如芯片测序、高通道测序。GPL为代号。
样本sample：测序出来的丰度。GSM为代号。
系列series：样本组成的数据集。GSE为代号。
（1）百度NIBC GEO进入或者下面第二种方法
（2）进入pubmed主页，选择Resource，选择Gene&Expression，GEO Database进入GEO数据库（也可以直接在框中选择GEO datasets）。
（3）在搜索框里面输入“疾病LncRNA（以’hepatocellular carcinoma LncRNA’为例子）”，出现两个下拉选项：1.GEO Datasets Database 2.GEO profiles Database。选择第一个。（需要用药的，在后面加上药物名称）
（4）在如上界面中，左侧study type下面选择Express Profiles by array(表达矩阵)。
右侧Top Organisms下面选择五种。自己分析什么选择什么。
（5）选择需要的数据集。注意：最好样本量大于3个以上，选择正常组织与肿瘤组织对比。如果不想直接打开丢失之前页面，右键在新标签页打开。
（6）我们需要下载两种文件：1.Series Matrix File矩阵文件 2.Platform 平台文件
6.1矩阵文件有基因名字的，直接卸载。记住哪一样样本是（对照组）正常的，那些是癌症的（试验组）。
矩阵文件没有基因名字的，记住那些是自己需要的样本，下载好后用Excel打开文件，删除不需要的注释信息和样本。
6-2如果平台文件下面有Download full table则点击下载（GeneSymbol 指基因名字）
如果平台文件下面无Download,(没有基因名字)，点击View，等文件缓冲完毕。
从ID的I前面开始，复制到最后，粘贴到新文本文件即可。
做芯片数据分析，我们可以从GEO数据库手动下载数据，再读入R中。也可以通过R命令下载，下一章介绍。
