2022-07-27 Call Loop

Convert ValidPairs to Juicer .hic

~/HiC-Pro_3.1.0/bin/utils/hicpro2juicebox.sh -i dixon_2M.allValidPairs -g ~/0.apps/HiC-Pro_installed/HiC-Pro_3.1.0/annotation/chrom_hg38.sizes -j ~/0.apps/juicerbox/juicer_tools.jar -r ~/0.apps/HiC-Pro_installed/HiC-Pro_3.1.0/annotation/HindIII_resfrag_hg38.bed

Command Line Tools Usage
1) Creating .hic with Pre
    Extracting data from .hic files with dump
  java -jar juicer_tools.jar (command...) [flags...] <parameters...>
2) For HiCCUPS loop calling 
for i in `ls 4.Loop.hiccups/1.hicFile/*hic`;do n=${i##*\/};n=${n%%_*};echo "mkdir -p 4.Loop.hiccups/2.Loop/${n}";echo "java -Xmx512M -Xms128M -jar /picb/epigenome/usr/liull/Tools/juicer_tools_1.21.01.jar hiccups --cpu --threads 4 -r 5000,10000,25000 -k KR -f 0.1 ${i}   4.Loop.hiccups/2.Loop/${n}/";done >4.Loop.hiccups/2.Loop/0.run.sh

结果文件
image.png

重要结果文件说明:
merged loop文件

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容