转录因子富集分析

1。首先去下面的这个网站
http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp#C3

image.png

2.下载tft文件（entrez ID那个）

entre

3.用clusterprofilter做富集，首先要读进去该文件

library(clusterProfiler)
library(GSEABase)
data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)

c5 <- read.gmt("c3.tft.v6.2.entrez.gmt")

egmt <- enricher(gene, TERM2GENE=c5)
head(egmt)

egmt2=data.frame(egmt)

egmt3 <- GSEA(geneList, TERM2GENE=c5, verbose=FALSE)
head(egmt3)
barplot(egmt, drop=TRUE, showCategory=12)

image.png

两个破折号中间的为转录因子，一共就三种形式，红框为TF，unkonwn去除就行，
unkown表示有些motif 未对应已知转录因子啊

image.png