1661年，顺治十八年正月初七，年仅二十四岁的顺治因天花病死。当时天花肆虐，在一众皇子里，玄烨得过了天花。在孝庄皇太后和西方传教士汤若望的支持下，顺治去世第三天，八岁的玄烨登基，年号康熙。索尼、苏克萨哈、鳌拜和遏必隆为顾命大臣。
康熙六年，十四岁的玄烨亲政。可此时国家实权掌控在鳌拜手中。鳌拜跋扈专权，强横骄狂。八年，康熙用布库少年在南书房智擒鳌拜，以三十条罪名判其入狱，不久，鳌拜死于狱中，其党羽也被铲除。康熙终于夺回控制权。
接下来是康熙亲政以来的第一件真正头疼的事情——三藩叛乱。
三藩，指的是清军入关前，吴三桂、尚可喜、耿精忠这三个汉人军官投降了清朝，清军入关后，他们为统一立下了汗马功劳。后三人被封为王，控制着云贵、广东福建等地区。后来，这三个地区，发展为独立的王国。康熙十二年，吴三桂、耿精忠假意上书请求撤藩。康熙将计就计，下令撤藩。
1673年，康熙下令撤藩，吴三桂和耿精忠便举兵造反。后吴三桂占领了云南、贵州、四川、湖南4个省份，耿精忠也占领了福建、浙江、江西等地，王辅臣在陕西叛乱，孙延龄在广西叛乱，布尔尼在蒙古叛乱，台湾郑氏也趁机攻占福建部分地区……一时间，全国有近16个省份，大半个国土都发生了战乱。康熙帝制定平叛战略，亲自指挥各个重大战役，很快扭转了局势。康熙十七年，吴三桂中风病亡，其孙子吴世璠继位。清军展开全面反攻，康熙二十年，清军攻入昆明。其他叛乱者纷纷投降，历时三年的三藩之乱就此平定。
同年，台湾第二代延平郡王郑经中风而亡，年仅十二岁的次子郑克塽继任延平王，康熙抓住时机进攻台湾。二十二年，福建水师提督施琅在澎湖打败郑氏海军。二十三年，清政府在台设一府三县。终于统一了台湾。
清军入关后，沙俄伺机侵占了中国东北的大量领土。顺治七年，占据雅克萨等地。在平定三藩之后，康熙决定收复这块地方。二十四年，发动雅克萨之战，在都统彭春的指挥下，清军枪炮齐发，将俄军顷刻间击溃。沙俄要求议和，于是在康熙二十八年签订了《尼布楚条约》，为中俄两国划定了分界线。
大清平定三藩之乱时，漠西蒙古准噶尔部首领噶尔丹逐步统一了漠西蒙古各部，灭掉了叶尔羌，控制了新疆南部。噶尔丹又趁中俄战争时，勾结沙俄，出兵占领漠北喀尔喀蒙古，进而南下进逼北京。康熙决定御驾亲征，三次亲政噶尔丹。最终，噶尔丹被杀。叛乱被平定。1691年，康熙北上，举行多伦会盟，漠北蒙古完全成为大清的一部分。
明末漠西蒙古四部之一的和硕特部南下青藏，建立和硕特汗国，名义上尊奉清帝的“天子”地位。康熙四十年，和硕特汗国发生内乱。康熙五十五年，准噶尔大汗策妄阿拉布坦（葛尔丹侄子）派出名将大策凌敦多布，率领六千精兵翻越高昆仑山，突袭拉萨城。拉萨汗被杀，和硕特汗国灭亡，青藏全境就此全部落入了准噶尔汗国的手里。次年，康熙派十四皇子胤禵出征，挺进青海，赶走准噶尔，攻下西藏。康熙皇帝撰写平定西藏记，立御碑于布达拉宫前。
康熙大帝于1722年六十九岁时去世，去世时国家基本统一。
