近来在利用R包ggalt以美化pca和pcoa图的展示,在linux环境下安装ggalt时,遇见proj4的报错信息如下:
configure: error: libproj and/or proj.h/proj_api.h not found in standard search locations.
*** Install PROJ library and if necessary set PKG_CPPFLAGS/PKG_LIBS accordingly.
ERROR: configuration failed for package ‘proj4’
* removing ‘~/Bin/miniconda3/lib/R/library/proj4’
google了下前人的经验:https://github.com/hrbrmstr/ggalt/issues/22、https://github.com/r-spatial/lwgeom/issues/28
根据前人经验,制定本人的解决方案如下:
第1步,locate proj.h确认proj.h的路径
locate proj.h 没有结果显示,提示没安装proj4
第2步,利用conda安装proj4(没有root权限,无法参考前人sudo yum install proj-devel)
conda install -c conda-forge proj4
第3步,重新locate proj.h确认安装路径
第4步,在R中设定环境变量以指定proj.h的路径
Sys.setenv("PROJ_LIB"="~/Bin/miniconda3/include")
第5步,利用BiocManager安装proj4
BiocManager::install("proj4",force=TRUE) 成功安装
第6步,利用BiocManager安装ggalt
BiocManager::install("ggalt",force=TRUE) 成功安装