1.miniconda介绍
官网：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
conda 可以理解为一个工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理。包管理与 pip 的使用类似，环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。支持 Linux, Mac, Windows系统。
1.1. conda的设计理念
conda将几乎所有的工具、第三方包都当做package对待，甚至包括 python 和 conda 自身！因此，conda打破了包管理与环境管理的约束，能非常方便地安装各种版本python、各种package并方便地切换。
最初是为了解决 Python 模块安装的依赖问题设计，然而发展到现在，conda 目前已经超越了其最初目的而存在，可以解决大多数软件的安装和配置，包括各种本身与python毫无关系的包。
1.2. Anaconda, Bioconda, Miniconda
Anaconda是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，所以也称为Python的一种发行版。
Bioconda专门收录了生物信息学软件的软件源。
Miniconda只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，相对来说，个人推崇安装Miniconda，轻巧方便足够使用了。
2.下载安装 Miniconda3
mkdir -p /molecular1/nieshuai/jianwen/software
cd /molecular1/nieshuai/jianwen/software
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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安装时应对每一次提问：
第一次enter即可；
然后会出来一些安装说明，空格到最后会问：Do you accept the license terms? [yes|no]，此时选yes；
接着会让选安装位置，选择安装位置，不要enter，直接把位置输入然后回车即可：/molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3；
接下来软件会问：Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no] 回车即可。
此时显示：Thank you for installing Miniconda3!
测试安装是否成功
/molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/conda
3. 环境管理
关于环境，有太多专业解释，不做重复，可以举个例子简单理解：
假设我们的服务器是一个大房子，每个用户是一个租房客拥有一个自己的房间，用户一般在自己的房间里活动。用户小A以前养金丝雀（源码或者yum,apt-get安装软件），不好养总养不活（安装失败）；后来就想养两只哈士奇（相当于conda装两个软件，即包），特好养活。然而众所周知，房间里散养哈士奇（放任 conda 高权限装软件）是会拆家的，相当危险，有的时候把你电线（默认版本python）啃坏了，你之前能用的电冰箱（某个其它软件）就用不了了！因为把房间搞得实在糟糕你还找不到电线哪里坏了！怎么办？只能卖狗，然而房间是恢复不了了。
但是，如果一开始养哈士奇的时候，你就不要散养（不给conda高权限），而是一只装一个笼子（环境），喜欢啃沙发（python2）的放个沙发给它（python2），喜欢啃电线（python3）的笼子里放电线（python3）给它随便啃。你要问哈士奇把笼子啃坏了怎么办？没事，丢掉笼子（删除环境）换新的（新建环境）就行，反正你放笼子的房间是没问题的。
其实，如果你是普通用户，房间坏了换个房间就是了也没什么。但是！万一你要是root用户，呵呵，现在户型不好的二手房可不好卖。
以下介绍环境如何使用：
3.1. 创建新环境,python版本2.7，也可以直接覆盖原来叫condaenv01 的环境
/molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/conda create -n condaenv01 python=2.7 -y
3.2. 激活进入环境
source /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/activate condaenv01
安装需要python2的软件就可以直接安装了，要求特别多的软件甚至可以专门建一个环境给它，反正环境多了没事。这一步至关重要，把包装到环境里，而不是直接装到默认环境下
3.3. 安装完毕就可以关闭当前环境了
source /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/deactivate condaenv01
另外，如果你激活失败，说明你现在可能已经在默认环境里了，先关闭一下就行：
source /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/deactivate
但是每次激活 conda 都要去绝对路径实在不实用美观，可以用 alias 添加到环境变量里
echo "alias condaup='source /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/activate'" >> ~/.bashrc
echo "alias condadown='source /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/deactivate'" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
condaup condaenv01
condaup condaenv01 则直接激活环境 condaenv01
3.4. 还可以直接删除环境：
conda remove --n flowers --all
3.5. 列出conda创建所有的环境
conda info -e
3.6. 目前conda版本：
conda --version
3.7. 更新conda：
conda update conda
4. 频道 channels
有了channels，conda才知道去哪里搜索包并下载安装
4.1. 添加 channels，自己有好的镜像也可以添加
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels anaconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
4.2.显示安装channles
conda config --set show_channel_urls yes
4.3. 显示已经添加的channles
conda config --get channels
4.4. 已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
5.安装软件
安装软件才是我们使用conda的终极目的，前面都是铺垫，为了不浪费铺垫，切记安装之前激活环境
condaup 激活默认的base环境
5.1. 搜索软件
conda search R
5.2.安装软件R，默认最新版本
conda install R
5.3.安装指定版本 3.5
conda install R=3.5
5.4.本地安装
到(https://anaconda.org/)或者(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/)下载所需的包，如 https://conda.anaconda.org/pytorch/win-64/pytorch-1.2.0-py3.5_cuda100_cudnn7_1.tar.bz2
然后放到 miniconda3/pkgs 下
conda install --use-local pytorch-1.2.0-py3.5_cuda100_cudnn7_1.tar.bz2
PS: 国内服务器因为某些问题可能会碰到环境相关的问题，可加参数-c 即 -channel
channel 是conda查找包的位置，（source）具有相同名称的包可能存在于多个通道上，如果希望从默认通道以外的其他通道安装，则指定要使用哪个通道的一种方法是使用 conda install -c channel_name package_name语法
例如：conda install -c conda-forge R
5.5.已经安装的软件
conda list
5.6.更新软件
conda update R
5.7.卸载软件
conda remove R
安装完毕之后退出环境
condadown
6. 软件安装后的使用
6.1. 绝对路径调用
/molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/R
软件一般都会安装在这个位置 /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin，每次使用软件可以去此路径下寻找，这样绝对路径使用软件可以避免覆盖系统默认软件，我个人推崇这种笨办法，就是安全，别人用你的软件也能找到在哪，当然缺点是不便捷美观，所以可以直接添加环境变量。
6.2.添加环境变量
echo 'export PATH=$PATH: /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda
6.3.还有一个好办法是给安装的软件位置一个软连接，然后此软连接加到环境变量中
mkdir -p ~/.soft
ln -s /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/R ~/.soft
ln -s /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin/multiqc ~/.soft
echo 'export PATH=$PATH:~/.soft' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试 R 和 multiqc 都是可以用的
7.卸载miniconda
一般按照以上5步操作以后，你就能安全使用miniconda了，但是假如想要卸载的话，也相对容易许多。
第一步： 去掉 ~/.bashrc 环境变量配置
export PATH=$PATH: /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/bin
第二步： 删除miniconda
rm -rf /molecular1/nieshuai/jianwen/software/miniconda3/
第三步： 去掉相关隐藏文件
rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum
参考学习了一篇优秀博文，很喜欢他做得东西，链接：conda的安装与使用
