首先根据文章作者提供的metadata文件(图一),以及作者的count.txt.gz,随后读取成功得到metadata.csv和single cell_raw_scRNAseq.rds,打开metadata.csv是图4,发现sample不是GSM开头,所以sample_info.csv文件那里(图5)数据清洗选择title列为样本id所在的列名,样本分组信息所在的列还是tissue:ch1,批次效应列选了patient:ch1,去掉metastatic 组得到sample_info_sub.csv(图7),随后进行质控分析,运行完还是只有一个after_qc_sc_list.rds文件,期间试过把原作者的metadata文件的sample列换成GSM名字重新读取,质控后还是一样只有一个文件,不知道是哪里出来问题
读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助2
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