Dsuite软件的网站在Github上,
GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patterson's D (ABBA-BABA) and the f4-ratio statistics across many populations/species
这是一个检测基因流的软件,非常经典、非常好用!
但是安装如果没有root权限还是有一点复杂的
第一步就是去Github里面把源码下载下来,
按照教程进入文件夹直接make
应该就可以了,但是没有root权限最大的问题就是无法更新gcc,因此我们使用mamba来更新
# 安装gcc
mamba install gcc=11.2.0
# 安装g++
mamba install -c moussi gxx_impl_linux-64
安装完以后,用which x86_64-conda_cos6-linux-gnu-g++
找到g++的位置,
ln -s ~/mambaforge-pypy3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-g++ ~/mambaforge-pypy3/bin/g++
软连接一下,就可以继续make了,然后报错fatal error: zlib.h: No such file or directory
,因为我们没有更新zlib.h,同样用mamba来安装,
mamba install -c anaconda zlib
之后,用find /public/home/Wanggs/mambaforge-pypy3 -name zlib.h
找到zlib.h的位置,并将该位置加入Dsuite文件夹中的Makefile
文件中,
CXXFLAGS=-std=c++11 -I/public/home/Wanggs/mambaforge-pypy3/pkgs/zlib-1.2.13-hd590300_5/include
接着make
就没什么问题了
按照流程下一步就是
cd utils
python3 setup.py install --user --prefix=
但是我们发现pandas非常难安装,我们还是使用mamba
mamba install pandas
安装好以后,再次运行
python3 setup.py install --user --prefix=
成功!