发简信
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桑基图——不同系统发育框架比较写毕业论文的时候老板提到要用一张图表示分类系统的变化，于是像到用桑基图来呈现这个变化的过程，具体操作步骤如下（越来越不喜欢写注释了，大家将就着看...
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DiscoVista安装
DiscoVista是一个可视化多物种树的软件，由python2编写；大家在安装的时候可以单独构建一个python2的环境。 下载安装包 安装r...
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基因流检测软件Dsuite安装教程
Dsuite软件的网站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...
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BUSCO安装
之前有小伙伴反应说是BUSCO很难安装，这里我们使用mamba来进行安装，首先安装mamba 成功！然后开始安装busco， 成功！记得每次使用...
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统计单拷贝直系同源基因频率
在进行单拷贝直系同源基因构建系统发育树之前，我们会将一些出现频率比较低的单拷贝直系同源基因过滤掉，这就需要先统计频率了，这个脚本使用find函数...
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合并单拷贝直系同源基因
当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后，需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中，因此，写下了这个代码，其中gene_list.t...
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给系统树的物种修改名称
构建完系统发育树后，根据需要有些情况下需要对物种名称重命名，这个python脚本就是可以将rename.list中的对应名称替换到tree中。
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统计序列的基础信息
在把序列合并起来以后，如果要用于建树的话，一般在此之前建议看一下序列的常规指数，比如序列的长度、序列的配对相似度、序列的有效信息位点、还有序列的...
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对BUSCO的结果进行总结
平时我们对每个基因组做了BUSCO，但是官方提供的画图代码很难用，所以决定自己提取出BUSCO的结果并进行画图，这一串代码就可以批量从BUSCO...