给系统树的物种修改名称

构建完系统发育树后，根据需要有些情况下需要对物种名称重命名，这个python脚本就是可以将rename.list中的对应名称替换到tree中。

# 读取rename.list文件，将序列号和物种名称存储在一个字典中
rename_dict = {}
with open("rename.list", "r") as f:
    for line in f:
        seq_id, species_name = line.strip().split()
        rename_dict[seq_id] = species_name

# 导入re模块，用于正则表达式的操作
import re

# 读取gene161.fa.contree文件，将每一行的序列号替换为序列号加物种名称
with open("tree.contree", "r") as f1, open("tree.renamed.contree", "w") as f2:
    for line in f1:
        for seq_id, species_name in rename_dict.items():
            # 使用正则表达式的边界符\b，只替换完整的单词
            line = re.sub(r"\b" + seq_id + r"\b", seq_id + "_" + species_name, line)
        f2.write(line)

# 输出一个新的系统树文件tree.renamed.contree，其中包含了物种名称
print("完成！新的系统树文件是tree.renamed.contree")