PCA是主成分分析(PrincipalComponents Analysis)的简称,在之前的推文中曾经介绍过如何使用R进行主成分的分析,并进行二维PCA图的绘制,这里就不再赘述了。只是,考虑到实际情况中,用户可能有其他方面的需求。比如部分用户在公司测序之后其实拿到的主成分分析的结果,而不是从头分析;更希望通过三维图的方式直观展示结果等。因此,笔者在Multi-omics Visual软件中也加入了一个小功能,可以直接根据PCA分析的结果进行三维图片绘制。
一 热图绘制
1、安装好我们的软件之后,首先第0步需要做就是打开软件界面。
随后,将我们的示例文件拖入到软件的‘input file’文本框中。注意,我们这里也提供了excel加载选项,所以也可以直接加载excel文件。加载方法详见之间的公众号的推文《可视化绘图软件Multi-omics Visual之韦恩图绘制》。
接着,本软件在绘制图片时,需通过步骤3点击‘Adjustment para(need open when plot)’打开对话框,完成参数配置。注意,因为本软件目前尚未针对3D图提供可调参数,因为目前来看,这种图片的需求似乎并不旺盛(后期可能酌情增加)。
最后,点击‘start’按钮,即可打开韦恩图界面,如图4所示。这里我们可以直接在界面上拖动,调整3D的视角,从而能够得到最佳的展示角度。
二 惯例小结
虽然,目前针对这一功能并未提供更多可调参数。但是,上述的图片在seminar上展示的话应该还是可以的,或者说做一个预展示也还是不错的。至于论文级别的图片展示,用户可以多等几个月,我也在继续尝试完善这一软件的功能(coming soon)。另外,该图不仅可以用于PCA图的绘制,任何三维数据均可以用该点状图表示。
最后,本软件与Multi-omics Hammer软件一起搭配使用效果更佳图片。也欢迎大家搜索V信,公众,号:生信小院,其中分享了更多了与生信学习的相关信息,欢迎大家阅读。
软件下载地址:
https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03