在组学类的文章中,热图展示是其中必不可少的一张环节。它能够直观的展示所测样品所选定量指标的趋势变化。然而,就这么一个简单的绘图,目前市面上仅有少量的本地可交互的,拥有大量可调参数的工具(在线付费工具除外)进行展示。因此,本推文为了解决用户这一痛点,开发了一个热图绘制功能,通过点击实现精美热图绘制。那么开门见山,下面直接介绍如何进行绘制吧。
一 热图绘制
1、安装好我们的软件之后,首先第0步需要做就是打开软件界面。
随后,将我们的示例文件拖入到软件的‘input file’文本框中。注意,我们这里也提供了excel加载选项,所以也可以直接加载excel文件。加载方法详见之前的推文《可视化绘图软件Multi-omics Visual之韦恩图绘制》。
接着,本软件在绘制图片时,需通过步骤3点击‘Adjustment para(need open when plot)’打开对话框,完成参数配置。注意,因为本软件提供了丰富的可调参数(另一个角度来说就是操作会比较复杂),所以前期学习成本较高。如本示例中,需要将5列的‘end’对话框内的数值设为你的样品数,将第8列‘end’对话框内的数值设为你的测定指标数量。最后,点击‘start’按钮,即可打开韦恩图界面,如图4所示。
Ps:大家应该也注意到,更新的第三版软件已经把调参界面的参数重新做了一次梳理,待后续完善之后会单独出一篇推文进行介绍。
除了上述参数外,本软件也有三列(29,30和31)专门用于热图美化的参数。其中hcolor, lcolor和mcolor分别表示最高值、最低值、平均值所代表的颜色,其余颜色的话则会呈现梯度显示;y_pos用于指定列坐标位置(左或者右),lvaue和hvalue则分别表示最高值和最低值;add line?则表示是否添加辅助线,al-adjv和al-adjh则用于调整列坐标的位置。
图4属于一个标准的图形,图5的话则是通过调整各个参数获得的美化后图形。
二 惯例小结
其实,想要实现一个精美,可以自定义的热图,需要设置的调节的参数是即复杂又多的。所以,本软件在这里就做了取舍,即将选择权完全交给用户。然而,这样带来的是先高后低的学习成本。不过,做软件就像做实验,只有取舍没有完美。也欢迎大家搜索V信,公众,号:生信小院,其中分享了更多了与生信学习的相关信息,欢迎大家阅读。
软件下载地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03
PS:因为本软件是用python脚本撰写,调用了部分依赖包,用户首次使用需要安装python以及对应的包,安装之后便可永久使用。