修改命令行配色
复制粘贴下面两行代码：
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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man 命令，help 命令，或者某个命令的 --help 参数
man ls ## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档
help ls ## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档
ls --help ## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档
ls 命令
列出目录文件情况：
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll ## ls -la 的简写
ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息
cd 命令
切换工作目录
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录
mkdir
# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p test{1..3}/test{1..3}
tree
touch
ls
touch file.txt new.txt
ls
touch file{1..5}
ls
rm
rm -i file.txt
ls file*
rm file*
rm -r test1
mv
mv file1 Data/file2
cp
cp readme.txt Data/
mkdir dir0
cp -r dir0 Data/
ln
ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./
tar
## 解压
tar -zxvf Data.tar.gz
## 压缩
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...
cat
cat readme.txt
cat -n readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C ## 这里是按Crtl C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !
head、tail
head -n 20 Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail ~/.bashrc
## 查看第20行
head -n 20 Data/example.fq | tail -1
less
按 q 退出
less Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gz
wc
cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt
cut
less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
sort
less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S
uniq
less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c
paste
less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2
tr
cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e'
grep
grep Biotrainee -r ./
less -S Data/example.fq | grep 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'
正则表达式
cat readme.txt | grep '^T'
cat readme.txt | grep ')$'
cat readme.txt | grep 'f.ee'
cat readme.txt | grep 'f\?ee'
cat readme.txt | grep 're\+'
cat readme.txt | grep [bB]
sed
cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee()
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed 'y/abc/ABC/'
awk
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S
