hisat2比对完参考基因后，报错“XXsam: does not have BAM or CRAM format”
deeptools --version显示正常，查询博客说是它依赖的包要满足版本要求，经检查版本也满足要求。
pip list |grep "pysam" 看着也正常
但是此时，命令终端，输入：python回车
import pysam
print(dir(pysam))
发现里面没有功能，如下所示:
pysam
所以pip uninstall 卸载pysam,重新安装pysam
conda install -c bioconda pysam ##此时最新的pysam是0.22.0， 但是conda给我安装的是0.17.1, 之前pip直接安装的最新的0.22.0, 所以这个就听conda的判断吧
conda 安装的pysam
此时再次检查pysam，已有属性
现在可以正常运行：bamCoverage -b M3.bam -o M3.bw -p 16
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