10X单细胞转录组高级分析之多样品整合

library(Seurat)
library(SeuratData)
library(patchwork)
# install dataset
InstallData("ifnb")
# InstallData("ifnb") 无法下载安装，可以用下载工具下载好ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz上传到服务器安装
# http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz
install.packages("DATABASE/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz", repos=NULL, type="source")

# load dataset
LoadData("ifnb")

# split the dataset into a list of two seurat objects (stim and CTRL)
ifnb.list <- SplitObject(ifnb, split.by = "stim")

# normalize and identify variable features for each dataset independently
ifnb.list <- lapply(X = ifnb.list, FUN = function(x) {
    x <- NormalizeData(x)
    x <- FindVariableFeatures(x, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
})

# select features that are repeatedly variable across datasets for integration
features <- SelectIntegrationFeatures(object.list = ifnb.list)

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