服务器配置WGCNA包

创建环境

conda create -n WGCNA
conda activate WGCNA
conda install mamba

安装R包和R语言中需要的包

mamba install R=4.2
mamba install r-devtools
mamba install r-gert r-rag r-ggert r-pkgdown r-usethis
mamba install cmake

安装WGCNA包

R #进入R环境
#设置镜像(选择中科大或清华的)
##中科大镜像
options("repos" = c(CRAN="[https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"](https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))) 
options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"](https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"))
##清华源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) 
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/"))) 
#安装BiocManage
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
library("BiocManager")
#安装依赖包
BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) ##等等报错缺什么安装就可以
#安装WGCNA包
library(devtools)
install_github("cran/WGCNA")#通过github安装
#也可以使用BiocInstaller安装,哪个好用用哪个

建议是一个操作创建一个环境,防止不同版本的语言环境冲突,这个WGCNA包目前就不能用R最新版本。欢迎交流~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容