1.安装
pip install git+https://github.com/ewels/MultiQC.git
2.从NCBI中获取SRA文件
prefetch SRR10338477
prefetch SRR7511256
3.将SRA文件解压为fastq格式
fastq-dump --gzip --split-files SRR10338477
fastq-dump --gzip --split-files SRR7511256
4.fastqc进行数据质量评价
fastqc SRR10338477_1.fastq.gz
fastqc SRR10338477_2.fastq.gz
fastqc SRR7511256_1.fastq.gz
fastqc SRR7511256_2.fastq.gz
5.MultiQC进行整合
multiqc .
生成两个文件
multiqc_data和multiqc_report.html
结果
6.结果分析
将multiqc_report.html 下载并查看
1.PNG
