生信星球学习小组第29期第二天

Linux认知

  • 如何登陆云服务器
    • Mac上打开终端,ssh 用户名@IP地址,比如ssh Poppy@1.2.3.4,输入密码即可
    • Windows上cmd命名进入Linux操作界面
  • 快速检索Linux命令https://man.linuxde.net/

常用的Linux命令

Linux基本操作

- 查看路径:pwd
- 当前路径的所有文件:ls
- 睡眠一段时间:sleep 10;睡眠10秒钟
- 进入某个路径:cd+路径
  - cd ../回到上层目录
  - cd 直接回到主目录
- *的使用
  - 查找某个文件指定的一部分,比如SRR1234567.sra
  - SRR12345*
- & 表示任务在后台执行,如要在后台运行redis-server,则有 redis-server &
- && 表示前一条命令执行成功时,才执行后一条命令 ,如 echo ‘1‘ && echo ‘2’
- nohup 是 no hang up 的缩写,就是不挂断的意思https://www.cnblogs.com/jinxiao-pu/p/9131057.html
- | 表示管道,上一条命令的输出,作为下一条命令参数,如 echo ‘yes’ | wc -l。
- || 表示上一条命令执行失败后,才执行下一条命令,如 cat nofile || echo “fail”
- 编辑界面
  - 进入test.txt文档编辑界面,vi test.txt
  - esc退出编辑界面
  - :x保存退出

快速查看文档信息

- 快速查看文件:cat filename,适用小文件
- 查看文件行数:wc -1 filename,1是line的意思,第一行
- 查看文件前几行:head filename,默认查看前6行,head -n 100 file1,查看前100行
- 查看文件末尾几行:tail filename,同head
- 逐页查看大文件内容:more或者less,more filename或者less filename;空格键或者f键向下翻页、b向上翻页、**q退出**
- 提取某个特定列:cut -f 1,3,5 test.txt,提取test.txt的1、3、5列;cut -d “,"-f 1,3,5 test.csv,-d指定分隔符类型“,”,txt文件的分隔符为tab键

文件夹基本操作

- 新建一个文件:touch+文件名,比如touch filename.txt
- 新建一个文件夹:mkdir+文件夹名
  - 但是如果想新建一个文件夹1目录下有文件夹2,mkdir test1/test2会报错哦!需要加一个 -p
  - mkdir -p test表示如果有test文件夹就不创建,没有的话创建test文件夹
  - mkdir -p test1/test2/test3,表示在test1文件夹里面新建一个test2,test2文件夹里面新建一个test3
- 移动文件至当前路径的某个文件夹: mv file 文件夹名/
- 重命名文件夹:mv dir1 dir2,如果dir2不存在则重命名dir1为dir2;如果dir2存在则移动dir1到dir2文件夹下
- 拷贝文件夹:cp -r dir1 dir2(r是recursive,递归循环),如果dir2不存在则拷贝dir1为dir2;如果dir2存在则拷贝dir1为dir2文件夹下
- 删除文件夹:rmdir,如rmdir test2;或者rm -r dir1删除整个文件夹

Linux脚本

- .sh结尾,cat filename.sh,查看运行结果
- 运行shell脚本,sh filename.sh
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