来源于Listenlii-
https://cloud.tencent.com/developer/article/1755567
在计算系统发育多样性及随机性(βMNTD)等指标的时候,同时需要OTU文件及系统进化树的文件。
简:
picante包里有两个函数可以分别对OTU和树进行修剪和删减
剪:
prune.sample:对树进行修剪,只保留OTU表中包含的OTU,剪去树上多余的OTU;
phy.tree=prune.sample(otu,tree)
减:
mathc.phylo.comm:对OTU表进行删减,只保留树中包含的OTU。
match.otu<-match.phylo.comm(phy.tree,otu)
见:
得到的match.otu分别提取新的树和OTU即可:
otu=match.otu$comm
phy=match.otu$phy