梁思成被视为“资产阶级的代言人”和“反动学术权威”在政治风浪中浮沉。1955年始，在全国范围内陆续开展了对“以梁思成为代表的资产阶级唯美主义的复古主义建筑思想”批判，文革开始，被打成与彭真一伙的“反党分子、混进党内的右派、反动学术权威”受到批斗。一次红卫兵破四旧闯入梁家，搜出了一把镌刻着“蒋中正赠”的矩剑，乃林徽因弟林恒毕业于空军航空学校时，校方以名誉校长蒋的名义颁发的佩剑，毕业学员都有。林母作为林恒遗物保存。梁思成遂以“国民党潜伏特务”罪名关押隔离起来。林徽因曾写一首诗《哭三弟恒》，末句“而万千国人像已忘掉，你死是为了谁！”
梁思成被斗得奄奄一息，不能站立和走动。学校派人抬出来，放在一辆全清华最破的手推车上，像耍猴似地推到会场，斗完后，又送到家中。入院治疗期间必须继续写检查，握不了笔，由夫人林沫代替，一次次退回重写。梁悲叹：抗战八年，我跋山涉水，先长沙，后昆明，再李庄。面对饥饿与疾病，我是过关斩将，终于迎来了胜利之日。现在看来，我是过不了文革这一关了。1972年1月，一代建筑学宗师溘然长逝，没有人胆敢为这个清华营建系的开山鼻祖设计一寸墓碑了，陪伴的是萋萋荒草。梁死去三年后，叶企孙被解除隔离审查，精神分裂症得以好转，一日，翻范晔的《狱中与诸甥侄书》，指一位探视的挚友看：吾狂衅覆灭，岂复可言，汝等皆当以罪人弃之。然平生行己任怀，犹应可寻，至于能不意中所解，汝等或不番知。1977年1月，叶病死。1987年2月，《人民日报》发表《深切怀念叶企孙教授》一文，正式为之恢复名誉。
清华南迁之六年，吴宓生活过得并不愉快。费尽苦心追求的毛彦文及中意的其他女子，无一人对其倾心相注。学校也不重视，他曾日记中写一次公宴，自己年则几为最老，叙座则降居最末。开心之事，大概是任教于西南联大期问，被教育部聘为英国文学“部聘教授”，每个学科在全部范围内只一人，当年哈佛三杰陈寅恪、汤用彤及吴都在其中。
后出现钱钟书被陈福田、叶公超等辈排挤出清华之事，虽然钱曾放言：叶公超太懒、吴宓太笨，陈福由太俗，但吴不以为忤，为钱重返联大奔走呼吁。由这件事，他与陈叶心存芥蒂，裂痕渐大，遂萌去意。他收到西北大学和浙江大学聘请，经好友叶企孙劝说，暂且留下来。后得知陈寅恪到燕大任教，遂决定赴成都与陈共同执教燕大。遂向梅贻琦报告，欲借休假之机赴燕大等校讲学。
吴宓受聘燕大国文系教授后，开设“世界文学史”“文学与人生”等课程，以及《红楼梦评论》等系列讲座。与陈寅恪、萧公权、李方桂三位教授并誉为燕大“四大名旦”。吴另兼四川大学国文系教授，曾赴乐山武汉大学讲学。清华北返，吴接受“学衡”老友武汉大学文学院院长刘永济之邀，出任武汉大学外文系教授兼系主任一职。此前，吴致函梅，请辞清华教职，梅劝勉。后又决定回清华任教，梅也寄来聘书，但吴再次反复，迟迟未行动。后闻胡适将出任北大校长，与胡向不睦的吴，精神上有压力，阻挡了其北归的步伐。反反复复观望中，清华对吴失去了耐心，终于向他关上了大门。吴在武大讨生活并不如意，兼想躲避临近的兵祸，萌发去意，终未成。直至解放军横渡长江，南京解放，才于慌乱中赴成都，止于渝碚，重庆解放，最后落脚于四川教育学院和国立女子师范合并建立的西南师范学院。
思想运动在全国展开，吴宓发表《改造思想，站稳立场，勉为人民教师》长文，后《光明日报》转载，于文化教育界轰动一时。吴宓不免沾沾自喜，老来又交桃花运，一位20多岁的女学生暗恋上他，非他不嫁，可惜，结婚仅两个春秋，女学生病逝。吴宓复入孤苦伶仃的老年单身汉行列。
西南师院外语系取消帝国主义的英语专业，改设社会主义老大哥苏联的俄语，吴宓偏偏不懂俄语，身价暴跌，调任历史系讲世界史。吴宓仍满含热情把身心投入学校建设和教学硏究中。见校图书不丰，把战前藏于亲戚家的藏书无条件赠于学校图书馆，多数为市面上难以购到的好书，一部分为罕见的善本、孤本。也就在这一年，吴宓没有登台讲课，参加各种学习，苦不堪言。
吴宓被评为一级教授，受高人指点，坚辞，谦和避，遂定为二级。即使他迎合政治，却不善政治辞令，常弄巧成拙。一次政治学习上，他慷慨陈词：我在旧中国生活了几十年，国民党是我的亲妈，共产党是我的后母，我的亲妈死了，我的后妈对我很好，超过我的亲妈，我更爱我的后母。此番不伦不类的蹩脚比喻，引起一阵窃笑，也惹怒了台上以共产党为亲妈的领导，吴宓遭到一顿痛斥。后吴又不识时务地公开反对废除正体汉字和使用简体。大鸣大放时，一些牛鬼蛇神纷纷出洞，吴中途有些警觉，又高人指点，遂成漏网之蛇。当看到同类所伤，难掩饰心中的悲愤与文化良知，诉诸日记。但吴终究没有躲过。大鸣大放高峰时，他在一次课堂上为学生讲解句式语法，一时说了两个例句：吴宓者，西师之教授也。三两犹不够，况二两乎？学生大笑。此时国家经济陷入困境，大饥荒已经来临。实行配给制，都难以吃饱。想不到这句被认为是恶毒攻击党和社会主义路线，责令他公开检讨。自此，作为经典的罪证，学校把他当白旗拔掉，成为历次运动中革命群众批斗的靶子。学报上发表了学生写的长篇战斗檄文《批判吴宓先生在外国文学教学中的封建阶级、资产阶级学术思想》，这一散发着毒气的论，成为影子伴随吴宓终身，直至死去。
2024年7月21日
