燕王朱棣眼见他的藩王兄弟们不是自杀，就是被朱允炆废为庶人。他没有坐以待毙，而是起兵造反了。但是朱棣并没有公开打出造反的旗号，朱棣公开宣称的出兵名义是诛杀齐泰、黄子澄这两个奸臣，因为他们二人蛊惑了皇帝，所以皇帝就做出削藩的决策。《明史》里的原文是“以诛齐泰、黄子澄为名，号其众曰“靖难之师”。”
朱棣起兵造反，其实也是铤而走险，孤注一掷的举动。朱棣起兵之时，心里很清楚，自己的实力和他的侄子朱允炆相差太多，他只是个藩王，手下的兵不多，地盘也很小。朱允炆作为一国之君，能调动全国的军队来对付他。朱棣的军师姚广孝劝朱棣起兵造反的时候，朱棣心里很害怕，因为他知道天下的民心都向着朱允炆。朱棣的原话是：“民心向彼，奈何？”
历史总是让人琢磨不透，朱棣的军事实力比朱允炆差很多，天下的民心也是向着朱允炆，普通百姓更希望朱允炆做皇帝。但是朱棣最终却造反成功了。相比之下，汉朝的刘濞运气就没有朱棣好，刘濞同样是藩王造反，但刘濞失败了，最后被汉景帝杀死。
朱棣和朱允炆两个人打仗打了四年。朱允炆不断地吃败仗，朱允炆先后以耿炳文、李景隆和盛庸为将，统帅大军和朱棣作战，但都无济于事。朱允炆手下的兵虽然很多，但是他却缺乏优秀的将军统领军队和朱棣作战。这个问题都是他的爷爷朱元璋造成的。朱元璋怕武将们造反，把厉害点的武将基本杀光了，没被朱元璋杀死的厉害点武将也病死或者老死了，导致朱允炆要打仗的时候，手下无将可用。朱允炆没有汉景帝的运气，汉景帝手下有周亚夫这样出色的将军帮他消灭吴王刘濞，朱允炆手下却没有第二个周亚夫帮他排忧解难。
朱允炆自幼长在深宫，当上皇帝时不过是个孩子，他手下的两个主要谋士黄子澄和齐泰也都是书生出生，缺乏军事谋略。明史对这儿二人的评价是“两人本书生，兵事非其所长。”所以朱允炆临大事决策总是失误。而他的叔叔朱棣，统兵多年，实战经验多，人生阅历也比朱允炆丰富。这些也是朱允炆失败重要原因。
建文帝四年六月，李景隆等人叛变，朱棣攻入南京城，皇宫燃起一片大火，朱允炆不知所踪，传说他做了和尚，后来在全国各地躲藏。
