GenVisR基因组数据可视化实战(五)

7. covBars

# Example input to x 
x <- matrix(sample(1e+05, 500), nrow = 50, ncol = 10, dimnames = list(0:49, paste0("Sample", 1:10))) 
covBars(x)

8. cnFreq

准备数据:

image.png

代码:

cnFreq(LucCNseq)

图:

image.png

9. ideoView

准备数据:

image.png

代码:

# Obtain cytogenetic information for the genome of interest
data <- cytoGeno[cytoGeno$genome == "hg38", ]

# Call ideoView for chromosome 1
ideoView(data, chromosome = "chr1", txtSize = 4)

10. lohSpec(Loss of Heterozygosity Spectrum)

准备数据:

image.png

代码:

lohSpec(x = HCC1395_Germline)
image.png

之前练习的图在这里:
GenVisR 基因组数据可视化实战 (一)
GenVisR 基因组数据可视化实战(二)
GenVisR 基因组数据可视化实战(三)
GenVisR 基因组数据可视化实战(四)

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