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  • README:HapHiC

    HapHiC: a fast, reference-independent, allele-aware scaffolding tool bas...

  • 十三. 基因组核型演化分析-WGDI

    一. 准备文件 首先,下载基因组注释文件abc.gff3和蛋白序列文件abc.aa;然后,进行格式转换和重命名,得到abc.gff,abc.le...

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    十二. Circos基因组作图

    前言 最近进行基因组数据分析,绘制圈图,想做两个基因组的比较分析,通过查询文献,发现棉花基因组圈图在细节方面做的较好,主要就是染色体排布中间对称...

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    十一. 叶绿体基因组 SNP Calling (bwa, samtools, picard, bcftools, plink)

    前言 最近分析叶绿体基因组,进行SNP Calling,网上搜到生信药丸[https://www.jianshu.com/u/068665394...

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    十. 基因表达作图--ggplot2::geom_bar

    一. 简介 利用柱形图展示不同样品中基因表达的整体情况,首先读取基因表达矩阵,再将数据格式转换成row,col,value三列的格式,然后利用g...

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    九. R语言作图--pheatmap(热图)

    1. 热图及分组 2. 热图聚类和排序 绘制热图的时候我们会遇到这样的问题,我们有一组数据(特别是数据比较多的时候),绘制热图后分别对行和列进行...

  • 八. SNP检测和进化分析(Snippy)

    一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件,可以通过分析得到核心...

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    七. 植物叶绿体基因组--组装,注释和比较作图(GetOrganelle,GeSeq,Chloroplot,IRscope)

    一. 简介 叶绿体是绿色植物,藻类和蓝细菌进行光合作用的场所,光合作用将水和二氧化碳转变为有机化合物并放出氧气。叶绿体所携带遗传物质DNA,以原...

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    六. 基因表达相关性分析与作图(R语言“corrplot”包)

    一. 简介 corrplot包是一个画相关系数图的包,可以用来对基因的表达数据进行分析,分析不同基因间表达的相关性。 二. 实例 1. 数据格式...