- 通过三维基因组的分析鉴定了一些loop（染色质环）
想看这些染色质环在物种间是不是保守的，或者做一个核心loop，类似于泛基因组
2.保守loop的鉴定
https://github.com/adadiehl/mapLoopLoci
需要两个基因组的chain文件（query to ref），和相应的loop文件
loop文件格式是这样的：
前三列是loop的左锚点，第四列到第六列是loop的右锚点，第七列是一个uniq的标识用于标注这个loop，第八列是read counts，第九列是p值。。实际运用下来，第七、八、九列都随意就行，无所谓
./mapLoopLoci.py query.loop target.loop query.to.target.chain > query.to.target.out
最后是以query.loop为基底，也就是判断query.loop中的loop，哪些是保守的，哪些是XX
(python2)
输出文件的解释见：“https://github.com/adadiehl/mapLoopLoci”
软件要求的染色体号是"chr1, chr2"这样的格式。
我的物种的染色体号都是 “Chr1，Chr2”这样的，这样的话需要把chain文件中的染色体号从"Chr1"替换为"chrChr1"。
但是另外的输入文件也就是loop文件不用改变。
