发简信
IP属地：北京
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/mol...
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使用iqtree基于SNP构建个体树
格式转换 脚本来源：https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip[https://github.com...
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使用iqtree基于SNP构建种群/物种树
格式转换pop.list的第一列是个体名、第二列是种群名，tab分隔符. cat vcf.to.pomo.py 运行iqtree
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将gff3格式转换为bed12格式
注：脚本是用GPT生成的，请自己甄别。 perl gff3_to_bed12.pl in.gff > out.bed12 cat gff3_to...
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使用ccsmeth对PacBio HiFi subreads进行call甲基化
参考以下链接, 本教程仅作一个跑通的示例https://github.com/PengNi/ccsmeth[https://github.com...
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从NCBI获取数据直接构建Or.eg.db众所周知ClusterProfiler是目前最 马赛克 的富集软件但是除了一些模式物种，大部分物种都没有相应的背景库，非常痛苦 怎么办呢？Ann...
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基于gff文件提取最长转录本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有...
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使用jcvi绘制共线性时，调整整条染色体的方向
在使用jcvi绘制共线性时，经常遇到整条染色体反了的情况，比如上图，非常痛苦。 这个时候其实是希望调整方向，把黑线调整为蓝线/绿线的情况。 这里...