主播，不能切片，全基因组call和切片call，切片会少很多SNP，不知道为什么
freebayes快速群体call snp流程优化过滤和比对没什么好说的，fastp + bwa足够 重点是call snp这块，GATK作为精度最高的东西，运行速度也是最慢的，卡的要死。有人提出可以使用freebayes进...
发简信
IP属地：河北
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基于gff文件提取最长转录本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有的时候还会遇到gtf格式，ba...
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使用jcvi绘制共线性时，调整整条染色体的方向
在使用jcvi绘制共线性时，经常遇到整条染色体反了的情况，比如上图，非常痛苦。 这个时候其实是希望调整方向，把黑线调整为蓝线/绿线的情况。 这里提供了一个解决方法：bash ...
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lastal - 多基因组比对
-1.refhttps://github.com/gotouerina/Comparative-genomics-script/wiki/03.LASTAL-Alignmen...
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@xuzehui_1452 ANGEs输出多少个CAR就是有多少个祖先染色体。
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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我也遇到了，拿sed啥的手动改一下吧
WGDI - 推断祖先核型
0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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简书网2025年1-3月网络侵权举报受理处置情况为营造健康、积极、合法的网络创作环境，简书平台一直致力于打击网络侵权行为，保护作者的合法权益。现将近期简书平台网络侵权举报受理及处置情况向广大用户及社会公众予以通报。 ...
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@越努力 没有，lst文件包括了基因组位置信息喝对应的序列信息，所以肯定是可以提的，让GPT啥的写一下
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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hyphy absrel的使用
pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/liaochenlanruo/P...
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@越努力 对，但是输出结果是以参考基因组作为坐标。
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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(未完待续) 使用NGenomeSyn展示局部共线性效果图红色箭头是高亮展示的基因 nucmer比对与输入文件的准备这里我们使用mummer4 cat coords2link.sh 2.软件网址:https://github....
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利用三代数据（ONT or HiFi）进行PSMC群体历史分析
PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建，看到第一篇用三代构建群体历史的文章，发表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
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gene2go <- gene2go[gene2go$GO != "-", ]
解决了，有些基因注释不出来GO号，就是 "-"自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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你好我一直遇到：GO Ids must be formatted like 'GO:XXXXXXX'
但是我的格式就是按照这个样子的呀：
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GID GO EVIDENCE
<chr> <chr> <chr>
1 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000217 IEA
2 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000405 IEA
3 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003674 IEA
4 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003676 IEA
5 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003677 IEA
6 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003690 IEA自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
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构建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler进行富集分析时，发现目前只支持19个物种，如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
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统计nucmer的比对结果
脚本由GPT生成运行完nucmer后，想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat analyze_alignm...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...