@大A子 我没用过wgdi提供的这些脚本，输入文件都是我自己准备的
WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
发简信
IP属地：湖南
-
-
@五个菠萝八块八 我用Agora跑完，CAR数量很多很多，然后我再投给ANGEs，CAR就只有23个了。
每条CAR上有多少基因我不太清楚，我的配置文件就是在简书里面那个截图，时间太久了原始文件找不到了- -使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
-
那就没法了，软件只能做到这了，不死心的话可以看看每个CAR里面都有多少个基因。
比如，是不是大部分CAR，都只有1-2个基因，那这样的可以不计入祖先核型数量。使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
-
是只有一个基因。
从共同祖先到现在，有三个物种，这个基因在每个物种中都有一份，也就是你看到的3个物种的基因。使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
-
首先需要看一下软件作者孙朋川老师的视频，孙老师做了好几次讲座了，B站有录屏。
以我的理解，核型就是自己根据共线性推的。
比如所有物种在X染色体上都有非常良好的共线性，那就认为祖先的X染色体一直传到现在都没咋变，那我们就得到祖先核型的第一条染色体了。
具体选哪个物种放进allspp.ancient.input.txt中，尽量挑各种结构重排比较少的物种写进去。
比如A, B, C, D个物种，你通过共线性发现D在X染色体上有一个易位，再结合系统发育关系/最大简约原则等等推断出是D发生了易位，而不是ABC发生了相同的易位。那就别选D，ABC随机选一个。WGDI - 推断祖先核型
0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
-
主播，不能切片，全基因组call和切片call，切片会少很多SNP，不知道为什么
freebayes快速群体call snp流程优化
过滤和比对没什么好说的，fastp + bwa足够 重点是call snp这块，GATK作为精度最高的东西，运行速度也是最慢的，卡的要死。有人提出可以使用freebayes进...
-
基于gff文件提取最长转录本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有的时候还会遇到gtf格式，ba...
-
使用jcvi绘制共线性时，调整整条染色体的方向
在使用jcvi绘制共线性时，经常遇到整条染色体反了的情况，比如上图，非常痛苦。 这个时候其实是希望调整方向，把黑线调整为蓝线/绿线的情况。 这里提供了一个解决方法：bash ...
-
lastal - 多基因组比对
-1.refhttps://github.com/gotouerina/Comparative-genomics-script/wiki/03.LASTAL-Alignmen...
-
@xuzehui_1452 ANGEs输出多少个CAR就是有多少个祖先染色体。
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
-
我也遇到了，拿sed啥的手动改一下吧
WGDI - 推断祖先核型
0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
-
简书网2025年1-3月网络侵权举报受理处置情况为营造健康、积极、合法的网络创作环境，简书平台一直致力于打击网络侵权行为，保护作者的合法权益。现将近期简书平台网络侵权举报受理及处置情况向广大用户及社会公众予以通报。 ...
-
@越努力 没有，lst文件包括了基因组位置信息喝对应的序列信息，所以肯定是可以提的，让GPT啥的写一下
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
-
hyphy absrel的使用
pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/liaochenlanruo/P...
-
@越努力 对，但是输出结果是以参考基因组作为坐标。
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
-
(未完待续) 使用NGenomeSyn展示局部共线性效果图红色箭头是高亮展示的基因 nucmer比对与输入文件的准备这里我们使用mummer4 cat coords2link.sh 2.软件网址:https://github....
-
利用三代数据（ONT or HiFi）进行PSMC群体历史分析
PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建，看到第一篇用三代构建群体历史的文章，发表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
-
gene2go <- gene2go[gene2go$GO != "-", ]
解决了，有些基因注释不出来GO号，就是 "-"自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
-
你好我一直遇到：GO Ids must be formatted like 'GO:XXXXXXX'
但是我的格式就是按照这个样子的呀：
# A tibble: 6 × 3
GID GO EVIDENCE
<chr> <chr> <chr>
1 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000217 IEA
2 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000405 IEA
3 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003674 IEA
4 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003676 IEA
5 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003677 IEA
6 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003690 IEA自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...