PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建，看到第一篇用三代构建群体历史的文章，发表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
发简信
IP属地：广西
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利用三代数据（ONT or HiFi）进行PSMC群体历史分析
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gene2go <- gene2go[gene2go$GO != "-", ]
解决了，有些基因注释不出来GO号，就是 "-"自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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你好我一直遇到：GO Ids must be formatted like 'GO:XXXXXXX'
但是我的格式就是按照这个样子的呀：
# A tibble: 6 × 3
GID GO EVIDENCE
<chr> <chr> <chr>
1 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000217 IEA
2 Peregrine_CCG013916.1 GO:0000405 IEA
3 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003674 IEA
4 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003676 IEA
5 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003677 IEA
6 Peregrine_CCG013916.1 GO:0003690 IEA自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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接，有什么要求，报酬是多少
仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
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仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) * 3.03 (e-9) *...
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构建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler进行富集分析时，发现目前只支持19个物种，如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
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统计nucmer的比对结果
脚本由GPT生成运行完nucmer后，想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat analyze_alignm...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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使用Purge_dups去冗余序列
该工具和使用purge_haplogs处理基因组杂合区域类似，但速度更快。 purge_dups能够根据read深度分析组装中haplotigs和overlaps。相对于另一...
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使用SuperRec对染色体进行三维建模/3D chromatin reconstruction0.refhttps://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-2[https://doi.org/10.1186/s12864-019-5470-...
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已加入肯德基全家桶豪华套餐
基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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IQtree：使用 SNP 数据构建系统发育树IQ-tree也是一款最大似然法构建进化树的软件，目前IQ-tree已经更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建树（efficient tree re...
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仅作个人笔记 - 画猫单倍型基因组重组率那种图想画下图中的下半部分，基因组不同位置的重组率ref: https://doi.org/10.1038/s41588-023-01548-y[https://doi.org/1...
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基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价本文的部分内容来源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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哈喽
这部分基本就可以进行 phasing 了，但我在计算的时候，不知道什么原因，部分缺失位点的基因型，理论上应该是 ./. ，但部分位点变成了 . ，这会导致 phasing 过程无法读取文件，我也没查到怎么解决，就直接写了个 perl 脚本将 . 的基因型改为了 ./. 。
脚本见 ：修改 VCF 文件中错误编码的基因型
这一段可以忽略，大家可能不会遇到这个问题。
这个脚本可以分享一下吗基于重测序数据计算 iHS 选择信号
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...