1.介绍 AGORA是“Algorithm for Gene Order Reconstruction in Ancestors”的简称，该软件能够以物种树、每个物种的基因集...
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祖先染色体重构软件-Agora -
@深山夕照深秋雨OvO 谢谢作者的回复，请问你按照这套流程跑完得到的CAR数量很少吗，每条CAR上大概有多少个基因呀，我在想是否可以通过调整参数的形式增加同源基因块的聚类从而使得CAR更接近于真实祖先染色体数量，方便给我看一下你运行ANGEs软件的配置文件吗？非常感谢
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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请问作者，CAR下面得到的block具体编号，意思是这个编号包括的物种的所有基因都在该条祖先CAR上吗？比如CAR1包括编号100，>100对应了3个物种的基因，那么意思是这个CAR1上包括这三个基因吗？
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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@深山夕照深秋雨OvO 刚付完费按照流程跑了一遍，跑完ANGEs后也有数百个CAR，请问怎么确定祖先核型数量？
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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作者您好，请问您可以细说一下allspp.ancient.input.txt这个文件具体是怎么推断得到的吗，因为我跟您的情况一样，也是想推断动物基因组的祖先核型数量，我现在已经完成了所有物种与共同的外群做共线性比对，得到了每个物种跟外群物种的1V1的correspondence.csv文件，想请问接下来是要手动推断祖先核型文件吗，这个软件能否推断出祖先核型数量？因为动物基因组共线性区块匹配特别杂乱，一条染色体可以对着外群物种的好几条染色体，如果祖先核型文件需要手动写的话，那么具体判断为祖先染色体的依据是什么呢，通过这种1V1的共线性关系如何推断到共同的祖先上呢，这个问题困扰我很久了，非常希望作者能解答一下，太感谢了！
WGDI - 推断祖先核型
0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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