发简信
IP属地：安徽
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/mol...
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基于gff文件提取最长转录本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有...
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使用jcvi绘制共线性时，调整整条染色体的方向
在使用jcvi绘制共线性时，经常遇到整条染色体反了的情况，比如上图，非常痛苦。 这个时候其实是希望调整方向，把黑线调整为蓝线/绿线的情况。 这里...
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lastal - 多基因组比对
-1.refhttps://github.com/gotouerina/Comparative-genomics-script/wiki/03....
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hyphy absrel的使用
pal2nal.plhttps://github.com/liaochenlanruo/PAL2NAL[https://github.com/l...
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(未完待续) 使用NGenomeSyn展示局部共线性效果图红色箭头是高亮展示的基因 nucmer比对与输入文件的准备这里我们使用mummer4 cat coords2link.sh 2.软件网址:...
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仅作个人笔记 - 使用RepeatMask推断TE的插入时间
RepeatMask 2.让我们转战R 分歧度 = 突变率 * 分化时间e. g. () 括号里面的是单位8.15% = 26.9 (Mya) ...
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统计plink输出的ROH的结果
0.脚本由大模型生成 鉴定ROH 统计ROH cat stat.ROH.py
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统计nucmer的比对结果
脚本由GPT生成运行完nucmer后，想要知道每条染色体的比对情况 cat merge.gap.analyze_alignment.py cat...