使用iqtree基于SNP构建个体树

1. 格式转换

python vcf2phylip.py  -i in.vcf  -f

脚本来源：https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip

2. 去除invariant sites
   其实不用手动去除，只要运行一次iqtree，就会报错，然后你就会发现输出了一个新的phylip文件。
   用新的phylip文件再运行iqtree即可。

iqtree  -s in.min4.phy  -m MFP+ASC  -B 1000  -bnni  -T 10  --seed 42  --prefix out  --seqtype DNA
#会输出一个out.varsites.phy

3. 建树

iqtree  -s out.varsites.phy  -m MFP+ASC  -B 1000  -bnni  -T 10  --seed 42  --prefix out  --seqtype DNA