参考链接
SNP数据构建系统进化树 - 简书https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8
https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856
https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13022301.html
一 安装phylip
conda install -c bioconda phylip
二 下载vcf2phylip.py数据转换脚本
wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/v2.0.zip
unzip v2.0.zip
cd vcf2phylip-2.0/
转换数据，坑！样本名一定要少于10个字符
python /home/yangling/biosoft/vcf2phylip-master/vcf2phylip.py -i *.vcf
下图中all.LDfilter.min4.phy即转换得到的phy文件，用作下一步分析。
三 使用phylip
phylip是一个交互式软件，如下图红色标注所示，一步一步往下走。
每一步输出的文件（outfille）都是下一步的输入文件，注意自己修改文件名，防止覆盖。
图1 phylip第一步seqbootseqboot
在我这里把cat seqtool.par 换位phylip seqtool即可，后面也是，可能因为我是用conda安装的软件吧。
最后consensus一步输出两个文件，outfile和outtree，outtree才是目标文件
四 其他建树方法
#IQ-tree建ML树，自动选择最佳模型并构建进化树：-mMFP
直接将导出的phy文件用phylosuit软件建ML_tree,我的种间关系太近，NJ树更好。
iqtree -s example.phy -m MFP
