IP属地：云南
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计算两图层相交面积 1.转换要素为面，.shp，只有面图层能相交 2.相交求面积 3.得到面图层，右键属性，查看各块面积和所在保护区
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SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式，定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义gr...
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Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates....
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Fst
vcftools计算Fst VCFTOOLS官网[http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html...
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杂合度
1 使用plink挑选个体 注意bsz.txt是要提取的样本名，为两列。
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遗传多样性参数计算
1 使用vcftool计算pi值 输入文件：SNP_qc0818.vcf,未LD过滤，若文件较大则过滤更好工作路径：/home2/yl/abi/...
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snp数据PCA分析1.质控和LD过滤 1.1 质控:删除信息缺失严重的个体和位点 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...
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PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Re...