杂合度

1 使用plink挑选个体

plink --vcf SNP_qc0818.vcf --recode --out SNP_qc0818   --make-bed --double-id --allow-extra-chr  #先将vcf文件转换为plink的输入文件格式
plink --bfile SNP_qc0818 --noweb --keep bsz.txt --recode --make-bed --out BSZ1 --double-id --allow-extra-chr #提取bsz.txt中的样本
plink --file BSZ1 --hardy --out BSZ_hardy  --allow-extra-chr#计算位点杂合度
#结果见.hwe文件

注意bsz.txt是要提取的样本名，为两列。

A.bsz_27_p A.bsz_27_p
A.bsz_30_p A.bsz_30_p
A.bsz_31_p A.bsz_31_p