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找到nextflow_wrapper.py这个文件的这几行: 然后根据自己的服务器情况进行修改;如果服务器有单次提交任务数限制,增加一行exec...
First, extract the longest transcript from GFF3 annotation files. Here, ...
RNA比对 DNA比对
下载edirect:为了从 NCBI 的 SRA 数据库中批量检索和下载样本信息,我们首先需要使用 NCBI 提供的命令行工具集 Entrez ...
PSMC模型主要利用二代重测序的比对结果进行构建,看到第一篇用三代构建群体历史的文章,发表在MBE上,名字叫“Genome Assembly o...
使用原有的BWA+GATK进行SNP calling存在严重的时长慢问题;无论是比对,还是gvcf calling,还是joint callin...
Preprocessor
主要利用mummer和NgenomeSyn进行,可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件(fasta)用于比对使用mummer4.0进行比对操...
PB甲基化流程(Revio和Sequel II)众所周知,PacBio的下机数据是可以用于提取甲基化信息的,显示在BAM里就是ML和MM的tag...