Cactus在现有比对中添加新物种

/home/cactus/cactus_env/bin/cactus-update-prepare add branch --childGenome imhausi --parentGenome Anc0 --cactus-prepare-options '--alignCores 30' --outDir ./steps --jobStore ./jobstore --ancestorName Ancmouse --topBranchLength 0.001 acomys.hal ./input.txt

Preprocessor

cactus-preprocess ./jobstore/0 ./steps/seq_file.in ./steps/seq_file.out --inputNames Mmusculus --logFile ./steps/logs/preprocess-Anc1.log

cactus-blast ./jobstore/1 ./steps/seq_file.out ./steps/Ancmouse.paf --root Ancmouse   --logFile ./steps/logs/blast-Ancmouse.log

cactus-align ./jobstore/2 ./steps/seq_file.out ./steps/Ancmouse.paf ./steps/Ancmouse.hal --root Ancmouse  --maxCores 30 --logFile ./steps/logs/align-Ancmouse.log
hal2fasta ./steps/Ancmouse.hal Ancmouse --hdf5InMemory > ./steps/Ancmouse.fa

cactus-blast ./jobstore/3 ./steps/seq_file.out ./steps/Anc0.paf --root Anc0   --logFile ./steps/logs/blast-Anc0.log --includeRoot

cactus-align ./jobstore/4 ./steps/seq_file.out ./steps/Anc0.paf ./steps/Anc0.hal --root Anc0  --maxCores 30 --logFile ./steps/logs/align-Anc0.log --includeRoot

halAddToBranch acomys.hal ./steps/Ancmouse.hal ./steps/Anc0.hal Anc0 Ancmouse imhausi Mmusculus 0.001 0.03732 --hdf5InMemory
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