IP属地：台湾
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GPU加速二代测序比对（Deepvariant + GLnexus）
使用原有的BWA+GATK进行SNP calling存在严重的时长慢问题；无论是比对，还是gvcf calling，还是joint callin...
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Cactus在现有比对中添加新物种
Preprocessor
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基因组共线性分析绘图
主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件（fasta）用于比对使用mummer4.0进行比对操...
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PacBio 甲基化分析
PB甲基化流程（Revio和Sequel II）众所周知，PacBio的下机数据是可以用于提取甲基化信息的，显示在BAM里就是ML和MM的tag...
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ONT r10芯片甲基化分析攻略还发在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com...
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基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/goto...
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超快超省存储的三维基因组分析方法三维互作这块的两大巨头是juicer 和 hic-pro，这两个东西确实都很久了，一个基于BWA一个基于Bowtie。说实话个人很讨厌这种把比对...
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Nanopore甲基化提取2024
ONT甲基化下机数据是fast5格式，比较大，先转成pod5，提取和储存更方便 先装一个pod5，用pip 然后直接转就行 转完了用dorado...
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maffilter，被时代埋没的比较基因组学工具
maffilter，看名字是一个过滤maf的工具，实际上，他比过滤MAF拥有更多的功能，甚至能构建系统发育树。 文章在2014年发表于BMC g...