Detection and classification of cancer in whole slide breast histopathology images using deep convolutional networks
基于深度学习方法的乳腺癌的组织病理自动诊断方法
分为三个步骤:
1 ROI区域检测,生成显著性图
2 WSI分类,生成分类图
3 融合显著性图和分类图得到WSI最终分类
First step:
FCN结构图
WSI通过四个训练好的FCN网络,生成显著性图。每通过一个FCN网络,生成该层显著性图,筛选出该层显著性图中结果最高的前60%(超参数,可调整)的部分,认为是相关部分,输入下一个网络。最后融合四个显著性图,生成总的显著性图。
0.625X,1.25X,2.5X,5X
Second Step:
CNN结构图
WSI以步长16大小100的滑动窗口输入CNN,生成分类图,分类图中每个像素代表原WSI中16*16大小的区域。
(CNN使用显著性区域进行训练,10X,50% overlap)
Third Step:
分类图中显著性前15%的像素投票或概率直方图SVM得到最终分类。
第三步中,在未融合显著性的情况下使用SVM替代投票机制,准确率从23.33%提升到38.33%。而融合显著性的情况下,两种方法准确率相当,55%。
可视化:occlusion deconvolution
数据集:240张WSI图像,分别来自不同病人。40X,180训练集,60测试集