1、群体区分

将每个群体中所包含的个体一行一个，生成popA，popB文件

2、vcftools进行对snp文件进行划窗计算fst和pi

窗口大小设置为1 Mbp，步长为0.1 Mbp

fst

vcftools --vcf populations.snp.vcf \

         --weir-fst-pop popA \

         --weir-fst-pop popB \

         --out popA_vs_popB \

         --fst-window-size 1000000 \

         --fst-window-step 100000

pi

vcftools \

  --vcf populations.snp.vcf \

  --window-pi 1000000 \

  --window-pi-step 100000 \

  --out popA \

  --keep popA

vcftools \

  --vcf populations.snp.vcf \

  --window-pi 1000000 \

  --window-pi-step 100000 \

  --out popB 

  --keep popB

绘图：参考

群体遗传选择消除分析Fst-θπ图的R语言可视化