240 发简信
IP属地:海南
  • 2025-08-31要将当前文件夹内所有不包含 interval 的 .g.vcf.gz 文件移动到 02.gvcfs 目录

    find . -maxdepth 1 -type f -name "*.g.vcf.gz" ! -name "*interval*" -exec...

  • 2025-06-30选择消除分析

    1、群体区分 将每个群体中所包含的个体一行一个,生成popA,popB文件 2、vcftools进行对snp文件进行划窗计算fst和pi 窗口大...

  • 2025-05-27 vcf文件建树

    gstacks -I aligned/ -M ../../00.extracted/pop_newall1.txt -t 32 -O gstac...

  • 2025-05-23 Treemix

    vcf2treemix.sh $FILE.vcf.gz $FILE.clust .clust 格式是三列,第一列和第二列相同均为样品名称,第三列...

  • 2024-12-17添加用户以及分配磁盘配额

    使用user_modify.py 建立新用户之后, 使用sacctmgr add user User=xxx Account=normal 命令...

  • 2024-10-31获取文件夹内未生成bam的文件

    ls *.fq.gz | while read f; do b="${f%.fq.gz}.bam"; if [ ! -f "$b" ]; the...

  • 三代pacbio hifi序列基因组组装与去冗余

    1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.h...

  • 2024-07-24 CD-hit,seqkit 按照ID提取序列的应用

    宏基因组二代测序结果binning之后的序列可能存在重复,首先使用prokka将binning后的序列转化为蛋白序列, 再使用CD-hit 命令...

  • 2024-01-09 修改不同文件夹下的相同命名的文件

    for file in */umap.svg; do mv "$file" "$(dirname "$file")/$(basename $(d...