2024-10-31获取文件夹内未生成bam的文件

ls *.fq.gz | while read f; do b="${f%.fq.gz}.bam"; if [ ! -f "$b" ]; then echo "$f"; fi; done

1.ls *.fq.gz:

列出当前目录下所有以.fq.gz结尾的文件

2.|:

管道符号,将前一个命令的输出作为后一个命令的输入

3.while read f; do:

while循环,逐行读取前面ls命令的输出

每一行(即每个文件名)被存储在变量f中

4.b="${f%.fq.gz}.bam":

对于每个.fq.gz文件,构造对应的.bam文件名

${f%.fq.gz} 是字符串操作,意思是从f变量值中删除末尾的.fq.gz

然后加上.bam后缀,得到对应的bam文件名

5.if [ ! -f "$b" ]:

检查构造的bam文件是否存在

-f 测试文件是否存在

! 表示取反,所以 ! -f 意思是"文件不存在"

6.then echo "$f":

如果bam文件不存在,则输出原始的fq.gz文件名